アマゾンのキンドルはDRMというもので保護されているそうです。どういう仕組みかよくわかりませんが、それだとPDFにして読むということができなくて困ります。自分はアマゾンキンドル端末（ペーパーホワイト）も持っていますが、画面が小さいため大型の書籍を読みにくいです。何よりも、普段Ａ４サイズの書類を読む必要があり、ソニーのデジタルペーパーを使っているので、アマゾンで買ったキンドルもＰＤＦにしてソニーのデジタルペーパー（ほぼＡ４サイズ）で読みたいという目的があります。
アマゾンキンドルのＤＲＭを外す方法として、有料ですがＥｐｕｂｏｒというものがあります。
Epubor Ultimate（最新バージョン） 価格:4400円 多様なDRMを解除+多様な形式を任意に変換！超簡単操作！縦書き対応！サポートしている 電子書籍：Kindle、Kobo、Googleブックス（eBook Japan、hontoやdmmなどの電子書籍データは未サポート）出力可能なファイル形式：EPUB、PDF、Mobi、AZW3、TXT https://jp.epubor.com/
自分は長年このEpuborを使っていますが、便利で気に入っています。アマゾンのキンドル書籍をまずローカルPCにダウンロード（アマゾンのキンドルリーダーを予めインストールしておき、そのアップリケーションにおいて）します。
それから、Epubor Ultimateで認識させて、出力形式をePUBやPDFなど好みのものを指定して変換するだけです。
ちなみに変換後のファイルはどこにあるんだ？という疑問が湧きますが、アイテムを右クリックして出てくるプルダウンメニューから、「DRM解除されたファイルを検索」を選ぶと、ファイルが存在するフォルダが開かれます。
まあ、Epubor Ultimateの4400円という価格が高いか安いかというのは、どれだけ切羽詰まっているかということによると思います。自分はどうしてもアマゾンキンドル書籍をPDFで読みたいので、重宝しています。